Luego de concluir la primera investigación a fondo ordenada por el gobierno en 2010 después de detectarse el manejo irregular de recursos públicos y extrapresupuestales en varias dependencias de las Fuerzas Armadas, el Tribunal de Cuentas comprobó el manejo discrecional de fondos provenientes de la ONU por la participación en las misiones de paz, "debilidad" en los controles internos, falta de respaldo documental y otras irregularidades como la no retención del IVA en pagos a proveedores.

Tras descubrirse el manejo irregular de fondos en la Armada en julio del año pasado, lo cual tras las investigaciones judiciales terminó por enviar a prisión a varios oficiales en actividad, el ministro de Defensa, Luis Rosadilla, pidió en agosto de 2010 al Tribunal de Cuentas que examinara los procesos de adquisiciones en las fuerzas, tomando casos al azar, investigación que acaba de finalizar.

El Tribunal intentó controlar el tercer año de todas las administraciones de gobierno sucedidas a partir de 1984, es decir en los años 1987, 1992, 1997, 2002 y 2007. Pero en los hechos, los procedimientos de auditoría se aplicaron solamente a los gastos de los ejercicios 2002 y 2007 porque no se contó con la documentación necesaria de los otros ejercicios, explicó el dictamen del TCR, al que accedió El País.

Las distintas fuerzas manifestaron al Tribunal que no guardaban los comprobantes de operaciones más allá de cinco años, en algunos casos, por falta de espacio.

Un caso particular le sucedió a la Fuerza Aérea que, ante el pedido de información que le hizo el Tribunal, respondió que debido al temporal de agosto de 2005 "los fuertes vientos ocasionaron la voladura de los techos del local donde se conservaba la mayoría de los archivos de documentación" sobre la administración de los fondos públicos.