Federer fue uno de los iconos de la presencia de Nike en el tenis desde 2008 y a lo largo de una década. El valor en imagen y ventas que el suizo generaba para la marca fue tal, que la compañía le creó su propia línea de productos y la bautizó con sus iniciales. Del otro lado de la red, Federer ingresó US$ 120 millones a través de este acuerdo. En julio de 2018, y para sorpresa de los marketineros, el suizo se unía a la japonesa Uniqlo a cambio del pago de US$ 300 millones en 10 años.

El tenista invierte en ladrillos parte de su fortuna. Federer, su esposa Mirka y sus cuatro hijos proyectan la construcción de una mansión en la localidad de Rapperswil-Jona SG, a orillas del Lago Zurich, por un valor de entre US$ 40 millones y US$ 50 millones. El tenista tiene otras propiedades en Suiza y Dubái.

Creada en 2003, The Roger Federer Foundation desarrolla proyectos educativos en Suiza y África. Al presente, lleva invertidos US$ 52 millones abarcando a 7.000 escuelas y centros preescolares. «Más de 1,5 millones de niños se han beneficiado de una mejor calidad en educación debido a nuestro compromiso», destaca en su sitio web. Federer se involucra activamente en la fundación a través de eventos como «Match for África», una serie de partidos de exhibición contra profesionales como Rafael Nadal o Andy Murray así como de dobles junto al empresario Bill Gates. La organización también se ha beneficiado de las victorias de Federer. Cuando ganó su vigésimo Grand Slam (el Abierto de Australia 2018), Moët&Chandon lanzó una edición de 20 botellas de champán y cedió lo recaudado a la fundación. El aporte de Federer no es solo monetario, ya que suele visitar a los niños beneficiarios de sus programas.

Aunque ha reconocido en entrevistas que el retiro es una opción cercana, el suizo aún tiene ganas de seguir jugando en el circuito profesional. De todos modos, se viene dedicando a explorar inversiones y oportunidades de negocio. Ya en 2013, Federer cofundó junto a su agente Tony Godsick la agencia de representación de tenistas Team8, que hoy en día se encarga de la organización del torneo masculino Laver Cup. Hasta ahora, su mayor apuesta en su rol de inversor -según admitió el propio tenista- ha sido la compra de acciones en la empresa deportiva suiza On. La compañía, que desarrolla calzado e indumentaria para running, tiene a Federer como inversor, embajador de marca y consultor en el diseño de los modelos.