De acuerdo al artículo 202 de la Constitución la Universidad es un ente autónomo cogobernado, lo que significa que estudiantes, docentes y egresados participan en el manejo de la institución.
Los ámbitos en los que estos órdenes participan son la Asamblea General del Claustro (que tiene la potestad de designar al rector), los Consejos de Facultades y la Asamblea del Claustro de cada Facultad (que designan a los decanos). Todos estos órganos tienen un número dado de docentes, estudiantes y egresados que son electos durante las elecciones universitarias que son obligatorias y secretas.
Estos órganos componen el Consejo Directivo Central (CDC), que rige la Universidad y es compuesto por designación (al igual que el rector y los decanos). Tanto el CDC, el rector como la Asamblea General del Claustro tienen competencia en los asuntos generales de la Universidad y los especiales de cada Facultad, Instituto o Servicio. La Universidad se compone por 14 Facultades, dos Institutos, dos escuelas, una Licenciatura, el Hospital de Clínicas y los centros en Rivera, Paysandú y Regional Norte.
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