Dirección Nacional de Información e inteligencia.
La dirección estaba dedicada a las tareas de espionaje. Investigaba tanto a personas como a instituciones educativas, sindicales, culturales y religiosas. Incluye prontuarios "ideológicos", seguimientos clandestinos, transcripción de los interrogatorios, grabaciones de conversaciones telefónicas.
También guarda la "Constancia de fe democrática", que dividía a los ciudadanos en tres categorías, según sus antecedentes políticos. Clasificó a más de 300 mil uruguayos en estas categorías.
Archivo del Ministerio de Defensa.
A raíz de una denuncia anónima, en febrero de 2006 el Ministerio de Defensa logró ubicar documentos de la represión en una habitación de la ex Escuela de Inteligencia. Los documentos encontrados hasta ahora pertenecen al Servicio de Información de Defensa y la Oficina de Cooperación de Operaciones Antisubversivas.
El archivo permanece cerrado al público.
Ministerio de Relaciones Exteriores.
Las tareas de Inteligencia las llevaba adelante el Servicio Exterior, a través de las embajadas y consulados uruguayas en el extranjero. El ministerio tiene dos archivos, el Histórico Diplomático y el Administrativo. Su archivo contiene seguimientos de todo tipo a uruguayos exiliados, organizaciones e instituciones extranjeras. Registra, además, las comunicaciones entre el Ministerio de Relaciones Exteriores y el servicio exterior.