En aguas dulces, el término "algas" se usa para organismos microscópicos muy pequeños, en principio organismos unicelulares, algunos de los cuales forman colonias y así, alcanzan tamaños visibles a simple vista como partículas verdes diminutas. Estos microorganismos generalmente se dispersan finamente en todo el agua y pueden causar una considerable turbiedad si alcanzan densidades altas.

Las "cianobacterias" son organismos con ciertos rasgos de bacterias y algunos de algas. Son similares a las algas en tamaño pero a diferencia de otras bacterias, contienen pigmentos verde-azulados o verdes y por lo tanto, realizan la fotosíntesis. Por ello, también se denominan "algas verde-azuladas". En contraposición a la mayoría de algas, muchas especies de cianobacterias pueden acumularse para formar natas en la superficie, a menudo denominadas "afloramientos", con una densidad celular sumamente alta. 

(Fuente: Riesgos a la salud causados por cianobacterias y algas de agua dulce recreacionales, Organización Panamericana de la Salud)

Las toxinas de algas y cianobacterias son sustancias naturales, pero la actividad humana ha conducido a la fertilización excesiva ("eutroficación") de muchos cuerpos de agua, especialmente durante las tres últimas décadas. En climas templados el predominio de cianobacterias es sumamente pronunciado durante los meses de verano, cuando la demanda de aguas recreacionales es más alta. 

Los programas de sondeo recientes y en curso en varios países muestran que las concentraciones de toxina cianobacteriana en las aguas recreacionales y potables se aproximan más a los niveles de inquietud que algunos de los productos químicos industriales y antropogénicos que actualmente son el centro de la atención pública y son tratados por la legislación.

La inquietud de los problemas de salud debidos a cianobacterias tóxicas en las aguas recreacionales se basa en varias fuentes de información. Son numerosos los casos de intoxicación letal de animales terrestres que consumen agua con crecimientos de masa de cianobacterias. El primer caso documentado de una intoxicación letal del ganado causado por agua potable de un lago altamente plagado de cianobacterias se publicó en el último siglo y los casos registrados hasta ahí incluyen ganado ovino, bovino, caprino, porcino, perros, peces, roedores, anfibios, aves acuáticas, murciélagos, zebras y el rinoceronte. Los perros han muerto después de lamer acumulaciones de cianobacterias de su pelaje, o después de ingerir natas de cianobacterias bénticas.

Los casos de defunciones humanas debidas a toxinas cianobacterianas se han limitado a la exposición a través de diálisis renal. Sin embargo, las deficiencias de salud se conocen a partir de numerosos informes anecdóticos de irritaciones de la piel y/o mucosas, y también de casos documentados de enfermedades después de la exposición a través de agua potable así como la ingestión o aspiración accidental de material.

1. Contacto directo de partes expuestas del cuerpo, incluidas áreas sensibles como oídos, ojos, boca y garganta, y áreas cubiertas por un traje de baño que pueden recoger el material celular.  Los trajes de baño y en particular, los trajes de buceo tienden a agravar estos efectos al acumular el material de algas e incrementar la destrucción de las células y liberación del contenido celular.

2. Ingestión accidental por tragar agua que contiene células. Los riesgos de la ingestión son mayores para niños que juegan en agua de poca profundidad cerca de la orilla donde las concentraciones de nata tienden a ser las más altas. Para personas que ingieren reiteradamente pocos mililitros de agua rica en cianobacterias que contiene microcistinas (es decir, durante un día feriado donde se practican deportes acuáticos en varios días consecutivos), el daño hepático acumulativo puede presentar un mayor riesgo que un único evento de ingestión accidental. 

3. Ingestión del agua que contiene células mediante la aspiración (inhalación).  Varios estudios con hombres y animales indican que la inhalación a través de las mucosas nasales y faringeas pueden presentar un alto riesgo en deportes acuáticos que incluyen la sumersión constante de la cabeza (buceo, competencias de natación) o inhalación de aerosoles (esquí acuático).